Не всегда. Если в конкретной ситуации это возможно, цистэктомия проводится с сохранением зуба – нередко одновременно с резекцией верхушки корня. Зуб удаляется вместе с кистой, когда он разрушен настолько, что его восстановление нецелесообразно, или когда его корни полностью поглощены кистой.